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 siRNA设计

    siRNA序列的结构对RNAi实验的成功与否起着至关重要的作用。不同的siRNA序列,对基因的沉默效率差异很大。因此,理性设计有效的siRNA就成为实验成功的关键因素之一。

    本公司推荐考虑如下设计思想:
     从起始密码子下游50 - 100个nt开始,避免5’端或3’端的UTRs,搜索AA (N19) 序列。因为这些区域结合了大量的调控蛋白,可能会影响siRNA发挥作用。
     分析siRNA两端能量分布
     N19序列3’端垂悬两个dTdT,该垂悬不与mRNA序列互补,使有义链3’端更容易解链,从而增加其沉默效率。
       21个碱基的siRNA单链序列如:5’-GGCCAGAGGUUGAAAGUGAdTdT-3’
     对mRNA目标区域进行二级结构预测,排除作用复杂的二级结构的siRNA序列。因为二级结构越复杂,siRNA沉默效率越低。
          下图表明设计的siRNA结构优势依次递增 a) < b) < c)
 


     在NCBI数据库(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)中进行Blast对照,排除设计的序列和其他基因的同源性,降低脱靶效应。
     避免出现连续的多个G或C,GC含量最好在30 – 55 %之间。
     设计中,对siRNA两端的错配可以高度容忍,但中间的5 - 11位碱基的错配,对沉默效应会有较大影响。

    本公司专业技术人员免费帮您针对同一个基因设计3 - 4对siRNA,您只需提供基因的Accession Number、mRNA序列或者Gene ID等信息即可,设计好后交您确认,如果抑制效率达不到70 % (转染效率至少90 %),我们免费重新设计和合成。

 

 

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