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 sgRNA序列设计


    CRISPR技术潜在脱靶效率较TALEN、ZFN等其它基因编辑工具较高,因此关键是设计特异性sgRNA序列。CRISPR技术直至去年才迎来技术应用的爆发期,因此其生物信息学相关软件开发应用一直滞后,这阻碍了整个技术应用领域的快速发展。目前sgRNA的在线设计网站有1.Zhangfeng lab:http://crispr.mit.edu/;2. Jack Lin's lab CRISPR/Cas9 gRNA finder: http://spot.colorado.edu/~slin/cas9.html;Boutros lab: http://www.e-crisp.org/E-CRISP/; Zinc Finger Consortium: http://zifit.partners.org/ZiFiT/ChoiceMenu.aspx等网站。这些网站虽然一定程度上满足了部分研究者的需要,但仍然存在很多不足和缺陷。例如MIT等网站等待分析结果需要数日,E-CRISP网站的分析结果不提供具体的脱靶数据,ZIFI网站可供选择物种十分有限,jack Lin的网站则几乎要靠自己一个一个收集脱靶信息。上述国外网站不仅不能囊括所有的物种信息,而且由于国内网络不稳定经常不能登录成功,极大的影响了科研工作者的工作效率。这些问题给设计者带来了一定困难,鉴于此BIOMICS及时推出了本地化运行sgRNA软件设计服务。当日提交设计订单,第二工作日给出sgRNA设计结果及,不限物种。Biomics提供的分析报告有详细的off-target数据,客户可以根据要求定制,从而自主选择靶点,提高科研工作效率!

    百奥迈科生物技术有限公司具有丰富的sgRNA设计经验,提供的序列经过blast,优选脱靶效应最低的序列提交给客户。  






Figure 1.Cas9/sgRNA设计模式:Single sgRNA/ Pair sgRNA



Figure 2.Biomics sgRNA 脱靶分析报告


附件:
    sgRNA design.pdf

 

 

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